一键溶液模型

快速生成蛋白质、多糖、核酸和聚合物的溶剂化模型

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工具说明

一键溶液模型是什么?

一键溶液模型工具可以快速为蛋白质、多糖、核酸和聚合物模型添加溶剂盒子、添加离子并生成完整的GROMACS模拟系统。

主要功能

  • 自动添加溶剂盒子
  • 自动添加离子中和电荷
  • 支持多种力场
  • 生成可直接用于MD模拟的系统
使用指南

四步完成溶液模型

  1. 上传PDB或GRO文件
  2. 设置体系大小和力场
  3. 设置离子浓度
  4. 提交任务,页面直接下载结果

支持分子类型

蛋白质 多糖 核酸 聚合物
一键溶液模型生成工具
上传文件并设置参数
支持PDB或GRO格式的分子结构文件(最大50MB)
溶剂盒子大小(单位:nm)
选择对应的力场参数集
离子浓度(单位:mol/L),输入0表示仅中和电荷
注意事项
  • 确保分子结构文件完整正确
  • 选择与分子兼容的力场
  • 离子浓度为0时仅中和电荷
  • 任务完成后,结果将直接在页面提供下载
  • 处理可能需要较长时间

常见问题

Q: 支持哪些分子类型?

A: 支持蛋白质、多糖、核酸和常见聚合物。

Q: 如何选择力场?

A: 根据您的分子类型和研究需求选择对应力场。

Q: 处理需要多长时间?

A: 取决于分子大小,通常几分钟内完成。

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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