一键成膜

快速生成细胞膜模型,支持嵌入蛋白质等分子

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工具说明

Membrane 是什么?

一键成膜工具用于快速生成适用于 GROMACS 模拟的细胞膜模型。支持纯膜生成和蛋白质嵌入膜两种模式。

主要功能

  • 生成指定大小的 POPC 细胞膜双分子层
  • 支持嵌入蛋白质(PDB/GRO 格式)
  • 自动尝试生成蛋白质拓扑文件(ITP)
使用指南

两种使用方式

  1. 纯膜模式:不上传文件,直接生成纯细胞膜
  2. 嵌入模式:上传蛋白质结构文件,生成嵌入膜

支持输入格式

PDB GRO
细胞膜生成
配置参数
默认 6.04548 nm,建议使用默认大小的倍数
支持格式:PDB, GRO(可选,不上传则生成纯膜)
注意事项
  • 默认生成 POPC 双分子层膜
  • ITP 文件生成仅支持蛋白质,可能失败
  • 不上传文件则生成纯细胞膜
  • 输出文件为 GRO 格式

常用体系大小

6.04548 nm(默认)

~128 个脂质分子

12.09096 nm(2倍)

~512 个脂质分子

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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