Obgmx 工具

生成分子的UFF力场参数文件,用于分子动力学模拟

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工具说明

Obgmx 是什么?

Obgmx 是一个用于生成分子UFF(Universal Force Field)力场参数文件的工具。UFF力场适用于多种原子类型,能够为有机分子、无机分子和金属有机分子提供合理的力场参数。

主要功能

  • 生成UFF力场参数文件
  • 支持多种分子结构输入格式
  • 输出适用于GROMACS的拓扑文件
  • 自动识别原子类型和键合参数
使用指南

两步生成力场参数

  1. 上传分子结构文件(PDB、MOL2等)
  2. 点击提交生成UFF力场参数文件

支持输入格式

PDB MOL2 SDF XYZ
UFF力场参数生成
上传分子结构文件
支持格式:PDB, MOL2, SDF, XYZ 等(最大50MB)
注意事项
  • 确保分子结构文件包含完整的原子坐标
  • UFF力场适用于大多数有机和无机分子
  • 生成的文件可直接用于GROMACS模拟
  • 复杂分子可能需要较长的处理时间

常见问题

Q: UFF力场适用于哪些分子?

A: UFF力场适用于有机分子、无机分子、金属有机分子等多种类型。

Q: 输出文件是什么格式?

A: 输出为GROMACS拓扑文件(.top)和力场参数文件。

Q: 支持哪些输入格式?

A: 支持PDB、MOL2、SDF、XYZ等常见格式。

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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