Cellulose Builder

使用 cellulose-builder 脚本快速生成纤维素纤维模型(PDB 格式)

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工具说明

什么是 Cellulose Builder?

Cellulose Builder 基于 cellulose-builder 脚本,可自动生成不同尺寸的纤维素纤维模型(原纤丝结构)。输出为标准的 PDB 文件,可直接用于分子动力学模拟或后续处理。

工作原理

  • 脚本采用 fibril 模式生成纤维素纤维模型
  • 参数 num 控制纤维的尺寸大小(1-10)
  • 数值越大,生成的纤维素纤维越粗,包含的分子链越多
使用指南

快速上手

  1. 输入一个整数参数 num(1-10)
  2. 点击"生成模型"提交任务
  3. 等待任务完成后下载 PDB 文件

输出格式

PDB 格式 纤维素纤维 原纤丝结构
Cellulose Builder 参数设置
设置纤维素模型参数
控制纤维素纤维的粗细程度,1 最小,10 最大
注意事项
  • 参数 num 仅接受 1-10 的整数
  • 生成时间随 num 增大而增加
  • 输出为 PDB 格式,可直接用于 GROMACS 模拟
  • 如需不同尺寸的纤维素模型,可多次提交不同 num 值

常见问题

Q: num 值有什么含义?

A: num 控制纤维素纤维中纤维素链的数量,值越大纤维越粗。

Q: 输出包含哪些信息?

A: 输出为标准的 PDB 文件,包含纤维素纤维的原子坐标信息。

Q: 可以直接用于 GROMACS 吗?

A: 生成的 PDB 文件可直接用于 GROMACS 模拟,建议先使用 pdb_modify2 工具处理。

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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