Cellulose Builder
使用 cellulose-builder 脚本快速生成纤维素纤维模型(PDB 格式)
工具说明
什么是 Cellulose Builder?
Cellulose Builder 基于 cellulose-builder 脚本,可自动生成不同尺寸的纤维素纤维模型(原纤丝结构)。输出为标准的 PDB 文件,可直接用于分子动力学模拟或后续处理。
工作原理
- 脚本采用 fibril 模式生成纤维素纤维模型
- 参数 num 控制纤维的尺寸大小(1-10)
- 数值越大,生成的纤维素纤维越粗,包含的分子链越多
使用指南
快速上手
- 输入一个整数参数 num(1-10)
- 点击"生成模型"提交任务
- 等待任务完成后下载 PDB 文件
输出格式
PDB 格式
纤维素纤维
原纤丝结构
设置纤维素模型参数
注意事项
- 参数 num 仅接受 1-10 的整数
- 生成时间随 num 增大而增加
- 输出为 PDB 格式,可直接用于 GROMACS 模拟
- 如需不同尺寸的纤维素模型,可多次提交不同 num 值
常见问题
Q: num 值有什么含义?
A: num 控制纤维素纤维中纤维素链的数量,值越大纤维越粗。
Q: 输出包含哪些信息?
A: 输出为标准的 PDB 文件,包含纤维素纤维的原子坐标信息。
Q: 可以直接用于 GROMACS 吗?
A: 生成的 PDB 文件可直接用于 GROMACS 模拟,建议先使用 pdb_modify2 工具处理。