基础与预处理
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title
模拟标题
define
预处理器定义
无
-DPOSRES (位置限制)
-DFLEXIBLE (柔性水)
integrator
积分器
md (蛙跳法,标准MD)
md-vv (速度Verlet)
md-vv-avek (Verlet+平均动能)
steep (最速下降法)
cg (共轭梯度法)
sd (随机动力学)
bd (布朗动力学)
tpi (测试粒子插入)
nm (简正模式分析)
标准的蛙跳法积分器，适用于大多数生产模拟。支持2fs时间步长（需约束氢键）。
gen-vel
生成初始速度
no
yes
gen-temp
温度(K)
Maxwell分布温度
gen-seed
随机种子
-1表示伪随机
启动模拟时根据Maxwell分布生成初始速度，通常用于平衡阶段的第一步
emtol
最大力容差(kJ/mol/nm)
能量最小化收敛标准
emstep
初始步长(nm)
最速下降初始步长
nsteps
总步数
50万步 × 2fs = 1ns
dt
时间步长(ps)
tinit
起始时间(ps)
comm-mode
质心运动移除模式
Linear (移除平动)
Angular (移除平动+转动)
Linear-acceleration-correction
None (不移除)
nstxout
轨迹输出频率
0=不输出trr文件，节省空间
nstxout-compressed
xtc压缩轨迹
nstlog
日志输出频率
nstenergy
能量数据输出
cutoff-scheme
截断方案
Verlet (基于粒子,推荐)
group (基于电荷组,旧版)
nstlist
邻域列表更新(步)
rlist
邻域截断(nm)
pbc
周期性边界条件
xyz (三维周期)
xy (仅XY平面)
no (无周期)
periodic-molecules
分子跨周期处理
no (有限分子)
yes (跨周期耦合)
用于分子需跨过PBC的体系(如聚合物)
coulombtype
静电计算方法
PME (粒子网格Ewald)
P3M-AD
Ewald
Reaction-Field (反应场)
Cut-off
rcoulomb
库仑截断(nm)
epsilon-r
相对介电常数
epsilon-rf
反应场介电常数
0表示无穷大(真空)
fourierspacing
FFT网格间距(nm)
pme-order
插值阶数
vdwtype
范德华类型
Cut-off
PME
rvdw
VdW截断(nm)
vdw-modifier
势能修正方式
Force-switch
Potential-shift
None
rvdw-switch
切换起始(nm)
DispCorr
色散校正
no
EnerPres (能量和压力)
tcoupl
温度耦合算法
no
v-rescale (推荐)
Berendsen
nose-hoover
sd
tc-grps
温度耦合组
tau-t
时间常数(ps)
ref-t
参考温度(K)
pcoupl
压力耦合
no (NVT)
C-rescale
Parrinello-Rahman
Berendsen
pcoupltype
耦合类型
isotropic
semiisotropic
anisotropic
tau-p
时间常数(ps)
ref-p
参考压力(bar)
compressibility
压缩系数(bar⁻¹)
annealing
模拟退火
no (无退火)
single (单次)
periodic (周期性)
annealing-npoints
控制点数量
annealing-time
时间点(ps)
annealing-temp
温度点(K)
constraints
约束类型
none
h-bonds (约束含氢键)
all-bonds
h-angles
constraint-algorithm
约束算法
lincs
shake
continuation
是否续跑
no (新模拟)
yes (续跑)
lincs-order
Lincs阶数
lincs-iter
迭代次数
pull
启用质心牵引
no
yes
pull-ngroups
牵引组数
pull-ncoords
牵引坐标数
pull-group1-name
组1名称
pull-group2-name
组2名称
牵引坐标1设置
pull-coord1-type
类型
umbrella (伞形)
constraint
constant-force
flat-bottom
pull-coord1-geometry
几何
distance
direction
angle
dihedral
pull-coord1-groups
组索引
pull-coord1-k
力常数
pull-coord1-init
初始距离(nm)
pull-coord1-rate
速率(nm/ps)
0表示固定
nwall
墙数量
0 (无墙)
1 (单侧墙 z=0)
2 (双侧墙)
启用墙时需设置 pbc = xy，且墙位于 z=0 和/或 z=z-box。Ewald求和需配合ewald-geometry=3dc使用。
wall-type
墙类型
9-3 (积分LJ)
10-4 (积分表面)
12-6 (直接LJ)
table (用户表)
wall-atomtype
墙原子类型
wall-density
密度(nm⁻³或nm⁻²)
wall-r-linpot
线性势半径(nm)
-1=不使用
wall-ewald-zfac
Ewald Z缩放因子
默认3，最小值2，仅用于ewald-geometry=3dc
外电场参数格式：E0(V/nm) ω(1/ps) t0(ps) σ(ps)
ω=0为静电场，σ=0为纯余弦场。
electric-field-x
X方向电场(E0 ω t0 σ)
例: 0.04 0 0 0 (静电场 0.04 V/nm)
electric-field-y
Y方向电场
electric-field-z
Z方向电场
例: 2.0 150 5 1 (脉冲振荡场)
acc-grps
加速组
恒定加速度作用的组，如 shear flow 模拟
accelerate
加速度(nm/ps²)
每组x/y/z方向加速度，如剪切流：第一组+0.1，第二组-0.1
freezegrps
冻结组
freezedim
冻结维度
每组Y/N指定冻结X/Y/Z
cos-acceleration
余弦加速度振幅
用于计算粘度，沿X方向cos(2πz/boxheight)
deform
变形速度(nm/ps)
a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y)
QMMM
启用QM/MM
no
yes
QMMM-grps
QM组
QMMMscheme
QM/MM方案
normal
oniom
QMmethod
QM方法
RHF
DFT
B3LYP
AM1
PM3
QMbasis
QM基组
STO-3G
3-21G
6-31G*
6-311G
QMcharge
QM电荷
QMmult
自旋多重度
free-energy
自由能计算
no
yes
expanded
couple-moltype
耦合分子
sc-alpha
软核alpha
couple-lambda0
初态
vdw-q
vdw
none
couple-lambda1
终态
vdw-q
vdw
none
fep-lambdas
lambda状态(空格分隔)
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