模型构建

一键成膜
模型构建

快速生成POPC细胞膜双分子层,支持嵌入蛋白质或生成纯膜。

开始使用 点击访问
胶束生成器
模型构建

使用Fibonacci球体算法将分子分布在球面上,快速生成球形胶束模型。

开始使用 点击访问
Cellulose Builder
模型构建

使用 cellulose-builder 脚本自动生成不同尺寸的纤维素纤维模型(原纤丝结构),输出标准 PDB 文件。

开始使用 点击访问
GenICE冰晶生成
模型构建

使用genice2快速生成不同晶型的冰晶分子模型,支持tip3p/tip4p/tip5p水模型。

开始使用 点击访问
一键溶液模型
溶剂化模型

快速为蛋白质、多糖、核酸和聚合物模型添加溶剂盒子、离子,生成完整的GROMACS模拟系统。

开始使用 点击访问

分子参数

Acpype 拓扑生成
拓扑生成

使用 ACPYPE 工具从 mol2 文件生成 GROMACS 兼容的拓扑文件,支持多种 Amber 力场(gaff/amber/gaff2)。

开始使用 点击访问
X2Top拓扑生成
拓扑生成

从分子结构快速生成拓扑文件,简化分子模拟流程。

开始使用 点击访问
TOP文件生成
拓扑文件

生成GROMACS/CHARMM兼容的拓扑文件,简化模拟准备工作。

开始使用 点击访问
Obgmx工具
GROMACS工具

GROMACS相关工具和功能。

开始使用 点击访问
Tabulate Morse
GROMACS工具

分子势能参数计算工具。

开始使用 点击访问
粗粒化参数
小分子martini

计算粗粒化分子动力学模拟所需参数,优化计算效率。

开始使用 点击访问
Mktop工具
opls力场top

分子动力学模拟工具集。

开始使用 点击访问

结构处理

分子格式转换
格式转换

支持多种分子文件格式转换,实现不同软件间的无缝对接。

开始使用 点击访问
Pdb_modify
聚合物单元序号

专业的PDB文件预处理工具,支持分子结构调整和格式优化。

开始使用 点击访问
TIP3P转TIP4P
结构处理

将TIP3P水分子模型转换为TIP4P水分子模型,输入GRO格式文件。

开始使用 点击访问

需要更多帮助?

无论您是学术研究者还是工业界专业人士,我们都能为您提供专业的计算模拟支持。

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
电话咨询
微信咨询
电话咨询
微信咨询