胶束生成器

使用 Fibonacci 球体算法将分子均匀分布在球面上,生成球形胶束

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工具说明

什么是胶束生成器?

胶束生成器可以将单个分子结构在三维球面上进行均匀排布,快速生成球形胶束模型。采用 Fibonacci 球面螺旋算法,确保分子在球面上的分布尽可能均匀。

关键参数

  • 旋转角度 — 控制分子在球面上的间距。角度越小,分子数量越多,但原子重叠风险增加
  • 胶束半径 — 控制胶束的大小。建议比分子最长轴稍大,以减少原子重叠
使用指南

三步生成胶束

  1. 准备分子的 PDB 或 GRO 结构文件
  2. 设置旋转角度和胶束半径
  3. 提交生成,下载结果

支持格式

PDB 格式 GRO 格式
胶束生成
上传文件并设置参数
支持 PDB 或 GRO 格式的分子结构文件
分子旋转角度(度),范围 1-180°。角度越小分子数量越多,但可能增加原子重叠
胶束半径(单位:nm)。建议比分子最长轴大一点,以减少原子重叠
注意事项
  • 确保分子结构文件完整正确
  • 建议半径比分子最长轴大 0.5-1.0 nm
  • 角度越大分子数量越少,原子重叠风险越低
  • 输出同时包含 PDB 和 GRO 格式
  • 生成后建议进行能量最小化以消除原子重叠

参数建议

Q: 如何选择合适的角度?

A: 建议从 60° 开始尝试。角度越小分子越多,但 30° 以下需增大半径避免重叠。

Q: 如何选择合适的半径?

A: 用分子最长轴的一半 + 0.5 nm 作为起始半径。若原子重叠严重,逐步增大半径。

Q: 输出是什么格式?

A: 系统同时输出 PDB 和 GRO 格式文件,可直接用于 GROMACS 模拟。

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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