Pdb_modify 工具

修正聚合物每个残基序列号，便于pdb2gmx命令处理

工具说明

该工具专门用于处理聚合物PDB文件，修正每个残基的序列号，使其符合pdb2gmx命令的要求。对于聚合物分子，GROMACS的pdb2gmx命令需要正确的残基序列号才能生成正确的拓扑文件。

使用指南

线性聚合物周期性结构蛋白质多聚体

上传PDB文件

选择聚合物PDB文件...

支持标准PDB格式，包含聚合物结构（最大50MB）

分子名称

输入3-5个英文字母作为分子名称（残基名称）

重复单元数目

输入聚合物中重复单元的数量（正整数）

每个单元原子数

输入每个重复单元中的原子数量（正整数）

Q: 为什么要修正残基序列号？

A: pdb2gmx命令需要正确的残基序列号来处理聚合物，否则可能导致拓扑生成错误。

Q: 如何确定重复单元参数？

A: 需要根据聚合物化学结构确定重复单元数目和原子数。

Q: 输出文件可以直接使用吗？

A: 是的，修正后的PDB文件可直接用于pdb2gmx命令。