GenICE 冰晶生成

使用 genice2 生成指定晶型的冰/水结构文件

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工具说明

GenICE 是什么?

GenICE 基于 genice2 生成指定晶型的冰/水分子结构文件,支持多种冰晶型和水模型,直接输出 GRO 格式文件。

主要功能

  • 支持多种冰晶型:1c, 1h, 2, 3, 4, 4R, 5, 6
  • 选择水模型:TIP3P, TIP4P, TIP5P
  • 自定义晶胞重复数,控制体系大小
使用指南

三步生成冰晶

  1. 选择水模型(TIP3P/TIP4P/TIP5P)
  2. 设置晶胞重复数 A B C(默认 3 3 3)
  3. 选择冰晶型并提交生成

体系大小参考

3×3×3 ≈ 4.8 nm 4×4×4 ≈ 6.4 nm 5×5×5 ≈ 8.0 nm
冰晶结构生成
配置参数
选择水分子模型
A
B
C
各方向 unit 重复个数,1 unit ≈ 0.8 nm
选择冰的晶型结构
注意事项
  • 1 个 unit ≈ 0.8 nm,不同晶型略有差异
  • 输出文件为 GRO 格式
  • 建议从 3×3×3 开始测试
  • 生成的结构可直接用于 GROMACS 模拟

常见晶型

1c(立方冰)

最常见的冰晶型之一

1h(六方冰)

自然界最常见的冰晶型

本站提供结构转化和模型建立输出文件不保证完全符合模拟需求,如有其他要求或者复杂模型请联系我们进行合作交流
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