Mktop 工具

从分子结构文件生成GROMACS拓扑文件，支持多种力场、连接性选项和自定义电荷

工具说明

Mktop 是一个用于从分子结构文件生成GROMACS拓扑文件的工具。它支持多种力场选择，允许用户控制是否从文件中读取连接性信息，并支持可选的自定义电荷文件，为分子动力学模拟准备完整的拓扑文件。

使用指南

OPLS AMBER 自定义

上传文件

选择文件...

支持pdb、mol2等多种分子文件格式，包含完整的分子结构（最大50MB）

力场选择

选择适合您分子类型的力场参数

连接性读取

如果文件包含CONECT记录，建议选择"yes"

电荷文件（可选）

选择电荷文件(charges.txt)...

可选：上传包含原子电荷的文本文件，每行一个电荷值。如果未提供，将使用力场默认电荷。

Q: OPLS和AMBER力场有什么区别？

A: OPLS力场适用于有机分子和小分子，AMBER力场适用于蛋白质、核酸等生物分子。

Q: 什么时候应该读取连接性信息？

A: 如果文件包含CONECT记录（通常来自晶体结构），建议读取以获得准确的键接信息。

Q: 如何获取结果？

A: 任务完成后，拓扑文件将直接在页面提供下载。